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    value: "hasAssertion"
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    value: "assertion"
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    s_iri {
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    }
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  name {
    value: "provenance"
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    p_iri {
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    value: "hasPublicationInfo"
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    value: "pubinfo"
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    value: "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
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    value: "type"
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    value: "Nanopublication"
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    value: "identifier"
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    }
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    value: "text"
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    }
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      lex: "samples:\n  A: data/samples/A.fastq\n  B: data/samples/B.fastq\n\n"
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  name {
    value: "dataset"
  }
}
rows {
  name {
    value: "Dataset"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
    }
    p_iri {
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    value: "describesWorkflow"
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    value: "RAOBjU_aTRgW5zb2MFGvZPAXBZegQRzVoUU-aSGQFpxh4"
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    p_iri {
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    value: "generatedAt"
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  quad {
    p_iri {
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    }
    o_literal {
      lex: "2026-03-17T19:26:28.393653+00:00"
      datatype: 1
    }
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    value: "hasWorkflowRun"
  }
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rows {
  name {
    value: "workflowrun"
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    p_iri {
    }
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      prefix_id: 9
    }
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    value: "param-bwa_mem-1"
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    value: "Parameterization"
  }
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  quad {
    s_iri {
    }
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    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
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    }
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}
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  name {
    value: "parameterIndex"
  }
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rows {
  datatype {
    value: "http://www.w3.org/2001/XMLSchema#integer"
  }
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rows {
  quad {
    p_iri {
    }
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      lex: "1"
      datatype: 2
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "parameterValue"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "-R \'@RG\\tID:{sample}\\tSM:{sample}\'"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "param-bwa_mem-2"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 23
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "2"
      datatype: 2
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "samtools"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "param-bwa_mem-3"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 27
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 23
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "3"
      datatype: 2
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "coordinate"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "param-bwa_mem-4"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 28
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 23
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "4"
      datatype: 2
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "param-samtools_index-1"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 29
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 23
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "1"
      datatype: 2
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "rule-all"
  }
}
rows {
  name {
    value: "WorkflowRule"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 30
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 31
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "hasInput"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "calls/all.vcf"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "calls/positions.png"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "calls/quals.png"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "hasSoftwarePackage"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "all"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "ruleName"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "rule-bcftools_call"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 31
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "hasOutput"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 36
    }
    o_literal {
      lex: "calls/all.vcf"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 33
    }
    o_literal {
      lex: "envs/bcftools.yml"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "shell"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "bcftools_call"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "rule-bwa_mem"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 37
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 31
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 36
    }
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/A.bam"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/B.bam"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/{sample}.bam"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "hasParameterization"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 38
    }
    o_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 22
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_iri {
      name_id: 26
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_iri {
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_iri {
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 33
    }
    o_literal {
      lex: "envs/bwa.yml"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "v8.1.1/bio/bwa/mem"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "parametersJSON"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 39
    }
    o_literal {
      lex: "[\"-R \'@RG\\\\tID:{sample}\\\\tSM:{sample}\'\", \"samtools\", \"coordinate\", \"\"]"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 34
    }
    o_literal {
      lex: "bwa_mem"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "rule-plot_positions"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 40
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 31
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 36
    }
    o_literal {
      lex: "calls/positions.png"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 33
    }
    o_literal {
      lex: "envs/matplotlib.yml"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "scripts/plot-positions.py"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "plot_positions"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "rule-plot_quals"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 41
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 31
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 36
    }
    o_literal {
      lex: "calls/quals.png"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 33
    }
    o_literal {
      lex: "envs/matplotlib.yml"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "scripts/plot-quals.py"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
    }
    o_literal {
      lex: "plot_quals"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "rule-samtools_index"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 42
    }
    p_iri {
      prefix_id: 12
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 31
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 36
    }
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/A.bam.bai"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/B.bam.bai"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "sorted_reads/{sample}.bam.bai"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 38
    }
    o_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 29
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 4
      name_id: 33
    }
    o_literal {
      lex: "envs/samtools.yml"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    o_literal {
      lex: "v5.7.0/bio/samtools/index"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 39
    }
    o_literal {
      lex: "[\"\"]"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      name_id: 34
    }
    o_literal {
      lex: "samtools_index"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "workflow-configuration"
  }
}
rows {
  name {
    value: "label"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 43
    }
    p_iri {
      prefix_id: 7
    }
    o_literal {
      lex: "from workflow configuration"
    }
  }
}
rows {
  name {
    value: "hasConfigurationFile"
  }
}
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  quad {
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